番茄根系的生长发育与土壤中的气体环境密切相关。土壤气体中氧的减少和二氧化碳的增多，能影响番茄种子的发芽、根的生长和根对养分的吸收。土壤气体存在于土壤颗粒的间隙内，正常的土壤颗粒和间隔的比例大约是1∶1。理想的土壤结构是团粒结构，可以使土壤中保持一定比例的气体。
设施内的灌水一般在土壤水分还较多时就灌，灌水次数也较频繁，容气量较低，为使灌水后也能保持20%以上的空气，需要改进土壤结构。孔隙率和含水量除影响容气量外，也影响土壤气体组成，一般是CO2浓度比大气中高，而O2浓度比大气中低，当土壤间隙小、水分多时能使CO2浓度剧增和O2浓度大量减少。
番茄根系发达，功能强大，与根的呼吸作用有密切关系，所以在根部环境中，土壤通气性很重要。只有保持根的正常呼吸作用，才能实现根部支持植株、吸收水分、将无机养分输送到地上部分、贮藏有机物质等多种功能。
空气中的CO2是番茄进行光合作用的原料，因此CO2浓度对产量和品质有一定的影响。露地条件下，由于空气的流动，环境中CO2浓度约保持在300微升/升，基本满足了番茄的生长发育要求，而在设施番茄栽培时，由于薄膜覆盖，棚内空气流动和交换受到限制，在番茄植株高大、枝叶茂盛的情况下，棚内空气中的CO2浓度变化很剧烈。早上日出之前由于作物呼吸和土壤释放，棚内CO2浓度比棚外浓度高2～3倍；
8～9时以后，随着叶片光合作用的增强，可降至100微升/升以下。室内CO2浓度经常处于亏缺状态，在光照较强时甚至会低于番茄的CO2补偿点，从而引起植株生理饥饿，造成落花落果。
露地条件下，气体流动性大，危害性一般较低，但也应注意远离公路、大型的化工厂等污染性强的企业，同时注意施肥方法，降低有毒气体危害的几率，一旦发生危害，及时地采取对策。
保护地番茄栽培中，尤其低温季节，大棚、温室等设施经常处于密闭保温状态，加上操作不当，很容易积累有害气体，达到一定浓度即可造成危害，轻则减产，重则绝收。
肥料使用不当是产生有毒气体的另一个重要原因。氨气是大棚、温室内经常发生的有毒气体，主要是施了未腐熟的有机肥或大量施尿素或氨态氮化肥，如硫酸铵等。
氨气在棚、室内含量达到5毫克/千克时，可使蔬菜作物受到不同程度的危害。氨气从叶子的气孔吸进去后，受害叶片像开水烫了似的，颜色变淡，叶子镶黄边，接着变黄白色或变褐色，直至全株死亡。
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